彭文正被檢方依妨害名譽罪嫌起訴，但法院開庭時，他滯美未歸沒有正當理由即不出庭，被法院發布通緝；彭文正因護照到期，申請換發護照遭拒
於同年月19日向駐舊金山台北經濟文化辦事處申請換發護照，而外交部以彭文正因案經移民署禁止出國，處分不予核發護照，並註銷原護照，彭文正不服提訴願被駁回，再提行政訴訟救濟。
彭文正申請換發護照時，駐舊金山台北經濟文化辦事處以電腦連線查核檔案資料，發現他因遭通緝中，經移民署通知列管禁止出國，駐舊金山辦事處乃廢止、註銷彭文正原護照，並同時扣留原護照且不予核准換發護照，處分沒有違誤，彭文正要求撤銷處分，並請外交部作成核發護照的行政處分均於法無據。
彭文正請求法院令外交部應依他在111年10月19日的申請，作成核發中華民國普通護照的行政處分；另主張因原處分違法而受到損害，提起損害賠償及請求外交部返還原護照。
依據護照條例規定，「已出國之在臺設有戶籍國民，有第23條第1項第2款或第3款規定情形，經駐外館處不予核發護照或扣留護照者，駐外館處得發給專供返國使用之一年以下效期護照或入國證明書」，外交部處分也說明若彭文正欲返國，可向駐外外館處申請專供返國使用的旅行文件持憑返國，不予換照處分並無侵害彭文正返國的基本權利。
北高行認為，台北地方法院以彭文正有逃亡或藏匿事實而通緝，此是行使刑事審判權限，通緝是否合法並非外交部處分時有權審查的事項，也不是行政法院可以審究的。
外交部駐舊金山台北經濟文化辦事處的處分，於法核無違誤，彭文正相關請求於法無據，並無理由，不應准許，判決敗訴。
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彭文正質疑蔡英文論文挨告遭通緝 想換發護照被拒…訴訟結果曝光
似乎是一個死胡同，註定要流落美國，歹路不可行，有何仇恨這麼深，要制蔡總統於死地。 收了一點錢辦事，惡搞到無立身之地，好好的媒體節目主持不做，划得來嗎？好好的台大教授不做淪為通緝犯真可悲